임광현 국세청장은 지난 2일 한국경제인협회 초청 간담회에서 중동전쟁 장기화와 글로벌 공급망 재편 등으로 어려움을 겪는 기업들의 애로사항을 청취했다. 이날 간담회에서는 세정 지원과 대응 방안을 중심으로 다양한 건의가 논의됐다.

국세청은 특히 석유화학 등 중동발 리스크에 직면한 업종에 대해 법인세 납부기한 연장과 세무조사 착수 보류를 검토하고, 해외진출 기업의 이중과세 해소를 위해 상호합의 절차 활성화와 국가 간 협력 확대를 추진하기로 했다.

국세청은 2026년 개청 60주년을 맞아 ‘세무조사 대전환의 원년’을 선포하고 제도 혁신에 착수한다. 핵심은 납세자 관점에서 조사 방식 전반을 재설계하는 것이다.

임 청장은 “기업의 성장이 곧 경제 성장이라는 기조 아래 세무조사를 합리적으로 개선하겠다”며 “정기 세무조사의 경우 납세자가 직접 조사 시기를 선택할 수 있도록 하겠다”고 밝혔다. 또한 조사 과정에서 중점적으로 검증하는 10개 항목을 사전에 공개해 기업이 신고 단계부터 스스로 점검할 수 있도록 지원할 계획이다.

이에 대해 류진 한국경제인협회 회장은 “기업에는 예측 불가능성이 가장 큰 리스크”라며 “조사 시기와 절차가 명확해지면 기업 부담이 크게 줄어들 것”이라고 평가했다.

‘세무조사 시기선택제’ 전면 시행

국세청은 4월부터 정기 세무조사 대상 기업이 3개월 범위 내에서 조사 시기를 직접 선택할 수 있는 ‘시기선택제’를 전면 시행한다.

대상 기업은 안내문을 받은 뒤 월 단위로 희망 시기를 선택할 수 있으며, 조사 착수 20일 전에는 기존과 동일하게 사전통지를 받는다. 이에 따라 기업은 결산이나 주주총회 등 주요 일정과 겹치지 않도록 조사 시점을 조정할 수 있어 실질적인 부담 완화가 기대된다.

중점검증항목 사전 공개로 대응 부담 축소

국세청은 세무조사 과정에서 반복적으로 문제되는 10개 유형을 ‘중점검증항목’으로 선정해 공개했다. 해당 항목에는 유의사항, 실제 과세 사례, 질의응답(Q&A) 등이 포함되며, 국세청 홈페이지와 세무조사 안내 자료를 통해 제공된다. 이를 통해 기업은 법인세 및 소득세 신고 단계에서부터 사전 점검이 가능해지고, 조사 대응에 필요한 자료 준비도 보다 수월해질 전망이다.

“조사는 엄정, 방식은 합리”…현장조사 축소 지속

국세청은 기존 ‘현장 상주조사 최소화’ 기조를 유지하면서 이번 제도를 통해 세무조사의 예측가능성과 효율성을 더욱 높인다는 방침이다.

다만 탈루 혐의 검증이라는 세무조사의 본질적 기능은 유지된다. 국세청 관계자는 “기업 현장의 목소리를 반영해 조사 방식은 합리적으로 개선하되, 조세 정의 확립이라는 원칙은 흔들림 없이 지켜나갈 것”이라고 강조했다.